Savaş kötü gitmektedir. Filistin Cephesinde 7. Ordu Komutanıdır. Ancak 8. Ordu Komutanı ve Von Kress ve Filistin Cephesi Yıldırım Orduları Komutanı General Falkenhayn ile anlaşamamaktadır. Bunun üzerine; Ordu Kumandanı Mirliva Mustafa Kemal 02 Ekim 1918 tarihinde, GnKur Bşk. Enver Paşa’ya aşağıdaki mektubu gönderir. 
‘’Mülki idarenin süratle düzeltilmesi, adaletin kurulması, asayişin sağlanması, suiistimallerin tahammül edilebilir bir dereceye indirilmesi, ticaret, tarım-hayvancılık ve ekonominin düzenli bir hale sokulması gereklidir. 
Askeri siyaset, bir savunma siyaseti olmalıydı ve elimizdeki tek neferi dahi sonuna kadar saklamalıydık. 
Almanları kollamaktan vazgeçmeliydik. Bütün siyasi ve dahili işler General Falkenhayn’ın elinden alınmalıydı. Benim karşı çıktığım Almanların bizi sömürge haline sokmaları siyasetleridir. 
Devlet hiç olmazsa Bulgarlar kadar bağımsız ve kıskanç olmalıdır.
Falkenhay, her vesile ile herkese Alman olduğunu ve ilerde Alman çıkarlarını en çok düşüneceğini söyleyecek kadar cür’etlidir. Bu sözü sarfeden bir Alman konsolosu değil, yüz binlerce Türk kanı için karar verme makamında olan bir kumandandır.  
Falkenhayn “Araplar Türklere düşmandır. Biz Almanlar tarafsız olduğumuzdan onları kazanabiliriz” sözünü bana bir Ordu Komutanına sarf etmiştir. Yıldırım Orduları Grup Komutanlığı Sina Cephesi’ni ikiye ayırmıştır. Bir bölge 7.Ordu Komutanı olarak benim ve diğer bölge 8.Ordu Komutanı olarak Alman Von Kress’in Komutasındadır. Bu kabul edilemez. Cephede iki ordu karargâhının bulunması sakıncalıdır. Bir tek komutan yeterlidir ve bu Mustafa Kemal olmalıdır. Falkenhayn bu konuda direnirse 7. Ordu Komutanlığından istifa edebilirim. 
Enver Paşa, 06 Ekim 1917 tarihinde “Kuvvetlerin nasıl kullanılacağını Falkenhayn’a sordum. Sizden bir süre daha durumunuzu korumanızı rica ederim’’ diye cevap verince Mustafa Kemal İstifasının kabul edilmesini ister.
Enver Paşa 07 Ekim’de istifayı kabul etmez ve ‘2.Ordu Komutanı olarak Fevzi (Çakmak) Paşa ile karşılıklı yer değiştirmeniz uygun görülmüştür’ şeklinde cevap verir.
Birinci Dünya savaşından yenik çıkan Osmanlı İmparatorluğu, 30 Ekim 1918'de İngilizlerle Midilli Adası Mondros Limanında demirli, Truva Savaşında Anadolu’ya çıkan Aka’lı Yunan Komutanın adını taşıyan Agamemnon Zırhlısında Mondros Mütarekesi imzalandığında, Mustafa Kemal Halep sırtlarında cephededir. Alman Generaller ve İttihat ve Terakki mensupları ülkeyi hemen terk ederler. Hükümet yoktur. İstanbul’da bulunan Mustafa Kemal, süratle Liman Von Sanders’in yerine Yıldırım Orduları Grup Komutanlığına atanır.
Mondros Mütarekesi özetle şu şekildedir. 
•    İstanbul ve Çanakkale Boğazları İşgal edilecektir.
•    Osmanlı ordusu terhis edilecek, Osmanlı savaş gemileri İtilaf Devletleri’ne teslim edilecektir.
•    İtilaf Devletleri, güvenliklerini tehdit altında görmeleri halinde diledikleri yeri işgal edecek,
•    Erzurum, Van, Diyarbakır, Sivas, Elazığ ve Bitlis’te (Vilayat-ı Sitte) bir karışıklık yaşanması halinde, İtilaf Devletleri bu bölgeyi işgal edebileceklerdir.
Nitekim İngilizler 3 Kasım 1918’de Musul’u işgal etmişler ve İskenderun’a asker çıkarmaya başlamışlardır.  Bunun üzerine Mustafa Kemal İskenderun'a çıkacak İngilizlere ateş açılması emrini verir. Sadrazam İzzet Paşa’nın 06 Kasım 1918 günü “İskenderun'a çıkacak olan İngilizlere ateşle cevap vermek, devletin siyasetine ve ülkenin çıkarlarının tümüne aykırıdır” cevabını verir. Padişah vahdettin, Yıldırım Orduları Grubu ve 7. Ordu’nun lağvedildiğini “asi ve tehlikeli” bulduğu Mustafa Kemal’in Harbiye Nezareti emrine atandığını ve İstanbul’a gelmesini emreder. 
Mustafa Kemal 13 Kasım 1918’de Haydarpaşa’ya geldiğinde, Dolmabahçe önüne demirleyen düşman donanmasına bakıp,  “Geldikleri gibi giderler” demiştir.
E1-1İşgaller devam etmektedir. 6 Aralık 1918’de Kilis, 17 Aralık 1918’de Antep işgal edilmiştir. 3 Ekim 1919'da kurulan Ali Rıza Paşa Kabinesi, Müttefikler'i hiç memnun etmemişti. Padişah Vahdettin 21 Aralık 1918 tarihinde, yeni seçim yapılmasını bahane ederek, Mebusan Meclisini kapatmış ve Devletin ileri gelenleri tutuklanmaya başlamıştır. 
Gelişmeler çok vahim bir hal alınca Mustafa Kemal 19 Mayıs 1919’da Anadolu’ya geçer.
Seçimler yenilendi ve Ali Rıza Paşa başkanlığında, Meclis-i Mebusan 12 Ocak 1920'de ilk toplantısını yaptı. Bilindiği gibi, Anadolu’da Milli Kurtuluş mücadelesini başlatan Mustafa Kemal’in talimat ve telkinleri ile yeni Meclis'te kuvvetli bir milliyetçi hava ortaya çıkmış ve Misak-ı Millî 28 Ocak'ta bu Mecliste kabul edilmiştir. 17 Şubat 1920 tarihli oturumunda da bu kararın basında yayınlanması ve bütün yabancı parlamentolara bildirilmesi kararlaştırılmıştır. 
Protestolar devam ederken 14 Mart tarihinde okullarının kuruluş yıldönümünü kutlayan tıbbiyeliler, direniş kararı aldı. Toplantı İngiliz askerleri tarafından dağıtıldı. 
Anadolu’daki direniş, İstanbul’daki protestolar üzerine 16 Mart 1920 sabahı İtilaf Kuvvetleri şehri ablukaya alarak devlet binalarını ve karakolları denetim altına aldılar. Harbiye Nazırı Cemal Paşa'nın evi basıldı, Harbiye Nezareti kontrol altına alındı. İngilizler, Meclisi basarak milletvekillerinin bir kısmını tutuklayıp, bir kısmını Malta’ya sürgüne gönderdiler. Mebuslardan kaçabilenler Anadolu’ya geçtiler. İstanbul için kara bir gündü. Artık Başkent yabancı kuvvetlerin işgali altındaydı. Bu işgale Mustafa Kemal Paşa, bir ay sonra 23 Nisan 1920’de Ankara’da Türkiye Büyük Millet Meclisini açarak tokat gibi bir cevap vermiştir.