Mustafa Kemal Paşa azınlıklara karşı doğu illerinde yapılabilecek saldırıların önlenmesi yetkileriyle 9.Ordu Kıt’at Müfettişi olarak 19 Mayıs 1919 günü Samsun’a ayak basıyor. Tüm askerlik hayatı boyunca İstanbul’dan uzak tutulan ve hayatı cephelerde geçen Mustafa Kemal Paşa yine 9.Ordu Müfettişliği gibi bir görevle Anadolu’ya geçmiştir. Vatanı kurtarmak için verdiği onca savaş halen bitmemişti. Bu seferki belki en zoruydu. Ordu yoktu, asker yoktu, silah cephane yoktu.
Samsun’dan Havza’ya geçen Mustafa Kemal Paşa ve arkadaşları, burada 28 Mayıs 1919 günü imzaladıkları Havza Genelgesini (Anadolu’ya geçişinin daha 9.günü) Hükümet ile tüm askeri ve sivil makamlara göndermiştir.
Havza Genelgesinde özet olarak, Türk milletinde düşman işgaline karşı milli bir bilincin oluşturulması; Hıristiyan halka saldırılmaması; Müdafaa-i Hukuk cemiyetinin yurdun her tarafına yayılması; Mondros Ateşkes Antlaşmasına karşı çıkılması ve yurdun her tarafında işgalleri kınayan gösteriler, protesto ve mitingler yapılması ve İtilaf devletlerinin temsilciliklerine ve İstanbul hükümetine protesto telgrafları gönderilmesini içeriyordu.
Havza’dan Amasya’ya geçen Mustafa Kemal paşa, arkadaşlarıyla birlikte 22 Haziran’da yayınladığı Amasya Genelgesiyle Kurtuluş Savaşının başladığını tüm dünyaya ilan etmiştir.
Amasya Genelgesi’nin yayımlanmasından bir gün sonra 23 Haziran 1919 günü Mustafa Kemal Paşa görevinden alınır. Bunun üzerine, daha önce iki kez askerlikten istifa etmek zorunda kalan, ancak istifaları kabul edilmeyen, Mustafa Kemal Paşa askerlik görevinden son kez istifa eder. Artık sade bir vatandaştır.
Emir verme yetkisi olmadığı gibi, silahlı Ermeni, Rum çetelerin, hilafet yanlısı eli silahlı kişilerin, asker kaçaklarının, İngilizlerin kışkırttığı sivil yöneticilerin, ayrılıkçı güçlerin doğrudan tehdidi altındadır. Kısacası artık devam eden mücadelesi “kelle koltukta” tabiriyle çok uyuşmaktadır. Bu tehdit, İstanbul Hükümeti tarafından hakkında yakalama ve idam kararı verildikten sonra çok daha ciddi bir hal almıştır.
23 Temmuz Erzurum Kongresinde alınan kararlar özetle şu şekildedir. “Milli sınırlar içinde vatan bir bütündür, parçalanamaz. Her türlü yabancı işgaline ve müdahalesine karşı millet hep birlikte direniş ve savunmaya geçecektir. İstanbul Hükûmeti vatanın bağımsızlığını sağlayamazsa geçici bir hükûmet kurulacaktır. Bu hükûmet milli kongre tarafından seçilecektir. Manda ve himaye kabul olunamaz“.
Erzurum Kongresi sonrasında Sivas Kongresi için delege seçilmesi ve kongrenin yapılması konusunda isteksizlikler vardı. Ancak Mustafa Kemal Paşa, bütün illerden gelecek temsilcilerin katılacağı Sivas Kongresi’nin düzenlenmesinde ısrar ediyordu. Sivas Valisi Reşid Paşa, Mustafa Kemal Paşa’nın Sivas’a gelmesi halinde bölgenin işgal edileceğini ve Elazığ Valisi Ali Galib’in, bölgede bir Kürt devleti kurmaya çalışan İngilizlerin de kışkırtmasıyla topladığı kuvvetlerle Sivas üzerine yürümeye kalkıştığı konusunda haberler aldığını söylüyordu. Kongreyi kuvvet kullanarak dağıtmak isteyen Damad Ferid Paşa hükümeti ile Ali Galib arasındaki yazışmaları ele geçiren Mustafa Kemal Paşa bu ihanet belgelerini telgraflarla bütün Anadolu’ya dağıtmış ve Damad Ferid Paşa Hükümeti istifa etmek zorunda kalmıştır.
Mustafa Kemal Kurtuluş Savaşının merkezinin Ankara olması gerektiğine daha Şubat 1919’da karar vermiş ve 20. Kolordunun Ankara’ya kaydırılarak başına Ali Fuat Paşa’nın getirtilmesini sağlamıştı.
Sivas Kongresi sonrası tüm delegeler Ankara’ya çağrıldı. Mustafa Kemal Paşa ve Heyeti Temsiliye üyeleri 27 Aralık 1919 günü Ankara’ya geldiler. Onları, Çankaya ve Dikmen tepelerinde köylerden atlarla, kağnılarla gelen binlerce kişi karşılamıştı. Sadece Seymen alayı 200 piyade ve 3000 atlıdan oluşuyordu. Halkın önünde İstanbul’dan intikal etmiş mebuslar, 20. Kolordu Kumandanı Ali Fuat Paşa ve Vali Vekili Yahya Galip Bey vardı. İki sıra halinde yürüyen kılıçlı seymenler zaman zaman zeybek oyunu oynuyorlardı.
Kısa sayılabilecek 7 ay içinde çok önemli atılımlar yapılmış ve Halkın işgal kuvvetlerine ve İstanbul Hükûmetine karşı Kurtuluş Mücadelesi başlatılmıştır. İşte böyle bir kış günü Mustafa Kemal Paşanın Ankara’ya gelişi ve Ankara’nın Milli Hareketin merkezi olması, Kurtuluş savaşının en önemli kilometre taşlarından birisi olarak Kurtuluş tarihimize altın harflerle yazılmıştır.